サラリーマンですが、（市民税・県民税は会社から天引きされています）副業でアルバイトをしています。アルバイトの分の市民税・県民税の支払いはどのようになりますか？

次の通りです。

確定申告の時に、申告書の「住民税に関する事項」のところの『自分で納付（普通徴収）』の欄にチェックを記入されると、アルバイト分の市民税・県民税につきましては、ご自身で納めていただくことになります。
また、「給与所得併用徴収希望申出書」をその年の3月15日までにご提出される場合も、同様にアルバイト分を分けて納めていただくことになります。
アルバイト分の市民税・県民税につきましては、市役所からお送りする納税通知書にてお納めください。
なお、「住民税に関する事項」の『給与から差し引き（特別徴収）』の欄にチェックを記入されると、主たる給与と合算し天引きとなります。